影響MBR膜系統運行的相關因素：

城市污水處理廠的流量會隨著季節、降雨量、生活習慣或者生產的調整、進水的組成及處理規模的大小等而有所變化，這種流量的變化對MBR的運行有較大的影響。在傳統活性污泥工藝中，峰值流量超過設計值一般會導致處理效率的下降，但峰值水流一般會順利地通過沉淀池的出水堰。而MBR工藝與此完全不同，MBR工藝依靠水泵加壓或負壓抽吸出水，運行時膜存在極限通量，超過這個極限的水就無法通過膜，造成MBR工藝難以像傳統工藝一樣超水量負荷運轉。

在MBR工藝運行過程中，由于物理、化學、生化作用或機械作用，會造成膜污染，金冠采用水力清洗、在線和離線化學清洗可以延緩膜污染的加劇，但膜污染本身是一個不可逆的過程，所以膜通量下降是必然趨勢，膜組件的產水量總體上來說呈現逐步衰弱的過程。另一方面，MBR系統運行幾年后，（通常3-5年）跨膜壓差在單個清洗周期內增長迅速，運行中需要縮短離線清洗周期以維持產水量，由于離線清洗時間較長且在清洗期間都無法繼續產水，也降低了總體處理能力。